تعتبر كلية العلوم السياسية والدراسات الإستراتيجية من كليات التأسيس لجامعة الزعيم الأزهري وقد تميزت بأنها الكلية الأولى في السودان التي تختص بتخصصي العلوم السياسية والدراسات الإستراتيجية مما جعلها الرائده في هذا المجال وهي تتكون من قسمين العلوم السياسية والدراسات الإستراتيجية وهنالك قسم الدراسات الدبلوماسية وهو في طور الإجازة وايضاً هنالك برامج الدراسات العليا والدراسة عن بعد وبرامج الدبلوم الكلية بها نخبة متميزة من الأساتذة تلقو تدريب وتأهيل متميز داخل وخارج السودان . مناهج الكلية متنوعة ومتطورة ويتم تحديثها كل خمس سنوات نركز فيها علي تدعيم الولاء والإنتماء القومي ودراسة المفاهيم المرتبطة بالمواطنة  ومكوناتها المتمثلة في الإنتماء والحقوق والواجبات والقيم كما حرصنا أن يكون المنهج له القدرة على خلق فرص العمل ولكننا أيضاً في الكلية لدينا عدد من التحديات من ضعف البنيات الأساسية ونقص التجهيزات لإتمام العملية التعليمية وضعف التحفيز المادي والمعنوي للعاملين وضعف تمويل المناشط هذه أبرز المعوقات، ولكن نحن في الكلية لدينا رؤية إستراتيجية طموحة إبتداءاً بمواكبة العصر وتطبيق التعليم الإلكتروني وأيضاً أعلاء قيم النشاط اللاصفي لسد الفراغات لتكوين الروابط العلمية والأكاديمية والجمعيات للطلاب وعمل مناشط تجاه المجتمع وقيادة مبادرات لإصلاح الواقع السياسي والتخطيط الإستراتيجي في البلاد .